CEPPER surge para fortalecer el conocimiento fundado, el desarrollo de propuestas, la creación de capacidades y la formación académica en los campos de las ciencias políticas, las políticas públicas y la gerencia de los aspectos públicos que afectan el desenvolvimiento de los actores de los sectores gubernamentales y privados.
La ciencia política, para CEPPER, tiene carácter fundamentalmente aplicado en la práctica pública. Por tanto, sus líneas de trabajo, siendo académicas e imbuidas en la rigurosidad científica, están conceptuadas con orientación a prácticas de buen gobierno, sostenimiento de la gobernabilidad y promoción de la riqueza y el desarrollo humano.